Kova vesi sisältää suuria pitoisuuksia kalsiumia, magnesiumia ja muita mineraalisuoloja, jotka kuumennettaessa ja haihduttaessa voivat muodostaa kalkkikerrostumia vesijäähdytteisen lauhduttimen lämmönvaihtimien pinnoille. Ajan mittaan tämä kalkki toimii eristävänä esteenä jäähdytysnesteveden ja lauhduttimen metallipintojen välillä, mikä heikentää lämmönvaihdon tehokkuutta. Kun kalkki paksunee, se vaatii enemmän energiaa saavuttaakseen saman jäähdytysvaikutuksen, mikä vähentää järjestelmän tehokkuutta, korkeampia käyttökustannuksia ja lisää järjestelmän kulumista. Kalkkikiven muodostuminen voi myös johtaa alentuneeseen virtauskapasiteettiin lauhduttimessa, mikä johtaa korkeampiin paineisiin ja lämpötiloihin. Näiden vaikutusten torjumiseksi monet vesijäähdytteiset lauhduttimet käyttävät vedenpehmentimiä, jotka poistavat kalsium- ja magnesiumioneja, tai hilseileviä kemikaaleja estämään kalkin muodostumista.

Veden laatu äärimmäisellä pH-tasolla (joko liian hapan tai liian emäksinen) voi johtaa metalliosien korroosioon vesijäähdytteinen lauhdutin . Matala pH (hapan) vesi voi aiheuttaa metallipintojen hapettumista, mikä johtaa ruosteeseen ja heikentää lauhduttimen rakenteellista eheyttä, kun taas korkea pH (emäksinen) vesi voi aiheuttaa alkalista korroosiota, joka hajottaa metallipintoja. Usein merivedessä tai teollisuuden jäähdytysvedessä esiintyvät kloridit voivat kiihdyttää pistekorroosiota, mikä johtaa paikallisiin vaurioihin. Korroosion estämiseksi vettä tulee käsitellä optimaalisen pH-alueen ylläpitämiseksi, tyypillisesti välillä 7-8,5, mikä on ihanteellinen sekä happaman että emäksisen korroosion estämiseen. Korroosionestoaineita, kuten fosfaatteja, sinkkiyhdisteitä tai silikaatteja, käytetään yleisesti säännöllisten vesitestien yhteydessä sen varmistamiseksi, että veden laatu on siedetyissä rajoissa.

Sedimenttejä, likaa tai muita hiukkasia sisältävät vesilähteet voivat johtaa tukkeutumiseen vesijäähdytteisen lauhduttimen putkistoissa ja lämmönvaihdinjärjestelmissä. Nämä kiinteät hiukkaset voivat estää veden virtauksen ja heikentää sen kykyä siirtää lämpöä pois lauhduttimesta. Vähentynyt virtaus lisää painetta lauhduttimen sisällä ja heikentää sen kokonaisjäähdytystehoa. Ajan mittaan sedimentin kerääntyminen voi johtaa sisäosien kulumiseen, mikä lisää huoltotarvetta ja mahdollisia vikoja. Näiden ongelmien lieventämiseksi suodatusjärjestelmät tai siivilät asennetaan yleensä veden sisääntulokohtiin, jotta ne keräävät suuret hiukkaset ennen kuin ne pääsevät lauhduttimeen. Nämä järjestelmät on suunniteltu poistamaan hiekkaa, lietettä ja muita suspendoituneita kiintoaineita, jotka voivat vahingoittaa sisäisiä osia tai heikentää suorituskykyä.

Biofouling tapahtuu, kun mikro-organismit, kuten bakteerit, levät ja sienet, kerääntyvät lauhduttimen lämmönvaihtopinnoille. Jos niitä ei valvota, nämä mikro-organismit voivat muodostaa biokalvon, joka toimii lämmönsiirtoa merkittävästi heikentävänä eristekerroksena. Biofilmi edistää myös korroosiota ja tukkeutumista, mikä heikentää entisestään järjestelmän tehokkuutta. Biofouling on yleisempää järjestelmissä, joissa käytetään pintavettä (jokia, järviä tai merivettä), joissa on korkeampi orgaanisen materiaalin taso. Levien kasvu on erityisen ongelmallista, koska se voi tukkia veden virtauksen ja johtaa lisääntyneeseen virrankulutukseen, koska järjestelmä kompensoi heikentynyttä lämmönsiirtotehokkuutta. Biologisen likaantumisen estämiseksi vedenkäsittelyjärjestelmät sisältävät usein kemiallisia biosideja (kuten kloori-, bromi- tai kuparipohjaisia ​​yhdisteitä), jotka tappavat mikro-organismeja ennen kuin ne pystyvät muodostamaan biofilmin. Ultraviolettivalokäsittely (UV) on toinen ympäristöystävällinen vaihtoehto mikrobien kasvun estämiseen.